El ISEAT tiene un convenio con la Universidad Bíblica Latinoamericana UBL, San José de Costa Rica. Click) . El Programa Universitario es considerado como Recinto Universitario Descentralizado de la UBL.
El ISEAT ha firmado un convenio interinstitucional con la Universidad de la Cordillera en La Paz, universidad especializada en Ciencias Sociales.

Convenio con el Instituto Universitario ISEDET
El ISEAT ha firmado un convenio de cooperación con el Instituto Universitario ISEDET (ISEDET. Click) en Buenos Aires, Argentina.
Tiene muy buenas relaciones con la Escuela Superior de Teología (EST. Click) en San Leopoldo, Brasil.
En Bolivia, tiene convenio con el Instituto Boliviano de Teología a Distancia (IBTD. Click) de Cochabamba.

Redes
El ISEAT es miembro de la Comunidad de Educación Teológica Ecuménica Latinoamericana Caribeña (CETELA. Click), con sede en Colombia; de la Asociación de Instituciones Teológicas (ASIT. Click), con sede en Argentina y de la Asociación de Educadores e Instituciones de Teología (ASEIT), con sede en La Paz.