Organización
El ISEAT funciona como asociación civil sin fines de lucro constituida por miembros individuales de reconocida trayectoria ecuménica y andina. Se mantiene un equilibrio entre géneros, etnias y confesiones cristianas.
Las y los socios activos conforman la Asamblea General que se reúne anualmente para supervisar la marcha de la institución y nombrar su Junta Directiva .
La Junta Directiva acompaña y supervisa el desarrollo de las actividades del ISEAT. Propone a la Asamblea General el nombramiento del/a Rector/a y de los/as directores de programas.
La gestión académica del Programa Universitario descansa en la Decanatura y esta está acompañada por un Consejo Universitario (este Consejo está constituido por las y los docentes, así como por una representación estudiantil).
La gestión educativa del Programa de Formación Abierta es llevada adelante por la dirección del programa y acompañada por un Consejo del programa (compuesto por docentes y representación estudiantil).
La gestión del Programa de Producción Teológica y Publicaciones es llevada adelante por la dirección del programa, acompañada por un Consejo.
La gestión administrativa está en manos de la Administración del ISEAT y del Consejo de Administración y Finanzas.
Las iglesias, organismos ecuménicos y otras entidades que se relacionen orgánicamente con el ISEAT establecen convenios escritos donde se estipulan las particularidades de la mutua responsabilidad entre el ISEAT y dichas entidades.
Para garantizar su autonomía el ISEAT cuenta con su personería jurídica otorgada por el Estado boliviano, sobre la base de sus propios Estatutos (# 126/96 del 5 de junio de 1996) y Reglamentos.