El ISEAT cuenta con los siguientes programas y unidades de apoyo:

• Programa de Ciencias de la Religión y Teología (tecnico superior)
• Programa de Formación Bíblico Pastoral
• Programa de Formación Socioreligiosa
• Proyecto "Tierras Bajas"
• Unidad de Biblioteca
• Unidad de Comunicación

El Instituto Superior Ecuménico Andino de Teología es una comunidad al servicio de la educación teológica. Nuestra labor tiene como finalidad fortalecer el trabajo de las iglesias, las instituciones de desarrollo social y las organizaciones sociales.

Nuestros programas e iniciativas responden a las demandas de formación teológica, religiosa y social de nuestros hermanos y hermanas en la fe. Detrás de nuestras acciones están personas y comunidades vivas que intentan construir, en el espacio que nos toca, un mundo mejor, más próximo al sueño del Dios Padre y Madre de la vida.